...Без всяких переделок Бит прописался. Потом также скинул. Се ля ви.. 
Здорово, а у меня и до переделки программатора не писался это бит и после переделки пишет только нуль, а в другой программе пишет нормально, микросхема новая, в чем дело не пойму. 
Да кстати, я неучел что для того чтобы перевести чип в режим QPI, прописки бита QE недостаточно,
нужно еще дать команду Enable QPI. Так что возможно мои опасения слишком преувеличены.
Xотя как написано в даташите:
WARNING: If the /WP or /HOLD pins are tied directly to the power supply or ground during
standard SPI or Dual SPI operation, the QE bit should never be set to a 1
что в переводе примерно так:
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ: Если контакты WP или HOLD связаны напрямую с источником питания или заземлением во время
стандартной SPI или Dual SPI операции, бит QE никогда не должен быть установлен в 1.
Так что лучше оставьте эти биты в покое.
